A ESA possui uma estrutura organizativa de apoio técnico, cultural e administrativo, para apoio às atividades para as quais está vocacionada (ensino superior, I&D e apoio à comunidade), que tem a designação de serviços. Os serviços técnicos, que incluem os serviços analíticos e os serviços agrários, são estruturas de grande importância e fundamentais para a Escola, pois são a base e o suporte do ensino superior e da investigação que se realiza na ESA. Integram estes serviços os laboratórios e a exploração agrária. Os serviços de documentação e relações exteriores facultam aos alunos a mais variada bibliografia e a pesquisa bibliográfica através da Web, com ligação gratuita 24 horas por dia, e colaboram na divulgação da Escola, dos seus cursos, projetos e atividades. Os serviços administrativos são a estrutura de retaguarda que exercem as atividades necessárias para o normal funcionamento da Escola, designadamente ao nível da gestão financeira, recursos humanos, expediente, arquivo, tesouraria, economato, património, expediente e apoio logístico. Os serviços académicos são de importância vital para qualquer Escola atendendo a que a vida escolar dos alunos passa, e é tratada, por este serviço, desde o ingresso até à obtenção de grau académico.