Os departamentos são unidades estruturais de recursos científico-pedagógicos específicos, e têm por finalidade essencial a realização de actividades de ensino, de investigação e desenvolvimento e de prestação de serviços à comunidade, gozando de autonomia pedagógica e científica, sem prejuízo das orientações gerais estabelecidas pelos órgãos da ESAPL. Entre algumas das competências de referir: a)  assegurar, no âmbito da sua actuação, o normal funcionamento e progresso dos projectos em que estejam total ou parcialmente envolvidos; b)  propor superiormente planos e programas de formação científica e técnica do pessoal docente e não docente a ele adstrito. Na ESAPL, actualmente existem 4 departamentos:      Departamento de Ciências da Planta e do Ambiente     Departamento de Ciências e Recursos Animais     Departamento de Economia e Sociologia Rural     Departamento de Engenharia Rural e Tecnologia Alimentar