Os Departamentos são órgãos permanentes de apoio à criação e transmissão do conhecimento no domínio de áreas científicas determinadas, constituindo assim as células base de organização científica e de gestão de recursos humanos e materiais da ESTG.

Cabendo-lhes, portanto assegurar a disponibilização dos meios humanos e materiais, com vista ao funcionamento e progresso dos projectos em que estejam envolvidos. Existem actualmente quatro departamentos