A UMA realiza todos os ensaios analíticos de microbiologia a águas e alimentos no Laboratório de Microbiologia. Este encontra-se dotado de equipamento e infraestruturas devidamente adequadas e que permitem garantir que os ensaios são realizados em condições técnicas e ambientais apropriadas aos elevados padrões de qualidade dos serviços prestados, bem como a segurança dos operadores e meio ambiente.
O Laboratório de Microbiologia foi concebido de acordo com o princípio da marcha em frente, integrando-se numa área total de 100 m2 constituída por espaços e salas devidamente separadas de acordo com a sua função: Ante-câmara, Receção, Sala de Lavagem, Sala de Preparação de Meios e Soluções, Sala de Bioquímica, Sala de Incubação e Área de Trabalho.
O Laboratório de Microbiologia da UMA possui todas as condições necessárias para um confinamento de segurança biológico de nível 2, existindo um sistema de tratamento de ar que garante uma temperatura constante na área de trabalho e de preparação de meios de 20 ± 2 ºC bem como uma pressão positiva do ar. O ar é introduzido no Laboratório através de um sistema de filtro absoluto, tipo HEPA.
Em relação aos ensaios físico-químicos, existe atualmente um laboratório, independente do Laboratório de Microbiologia, onde são realizados esses ensaios.
